Rodák z Liptovského Mikuláše vyrůstal ve svém rodišti, odkud na přelomu tisíciletí zamířil do zámoří. Mládežnický reprezentant svou výškou i sílou zaujal a v roce 2001 byl draftován Bostonem jako 241. hráč v pořadí. Po třech sezonách v QMJHL v barvách kanadského Halifaxu, kde v poslední sezoně nasbíral 102 trestných minut, zamířil na farmu Bruins. V sezoně 2005/2006 už odehrál prvních 51 zápasů v NHL, kde si vybojoval stabilní místo.

Během celkových sedmi sezon v NHL odehrál v dresech Bostonu, Washingtonu, Columbusu a Islanders celkem 430 zápasů základní části, k nimž přidal 21 zápasů v play off. Kromě 24 gólů a 59 nasbíral i solidní porci 278 trestných minut. V roce 2012 ovšem jeho zámořská mise skončila a Milan Jurčina se vrátil do Evropy, kde se dohodl na angažmá v Chomutově.

Už po 22 extraligových zápasech však zamířil do Raumy, ale během dalších tří sezon vystřídal barvy TPS Turku, Fribourgu, Rigy a Záhřebu, odkud odešel do Eisbären. Ve stejné sezoně ukončil reprezentační kariéru, během které reprezentoval na třech olympiádách a pěti světových šampionátech. V následujících třech sezonách už se věnoval ryze klubovým povinnostem v barvách Norimberku, kde se v létě 2019 nedohodl na nové smlouvě a po startu sezony podepsal zkušební kontrakt se Spartou. Do sparťanské rodiny zapadl perfektně a hned po svém příchodu se zařadil mezi hlavní pilíře v obraně. V minulém ročníku odehrál za Spartu 29 zápasů a po právu si vysloužil prodloužení svého kontraktu o další rok.