Slávistický odchovanec dlouho neměl jasno o svém ideálním postu v sestavě a až do dorostu střídal útok a obranu. Nakonec zvolil defenzivu a udělal dobře – již v sezóně 2010/2011 si ho jako devatenáctiletého vytáhl Vladimír Růžička do áčka. Krejčík působil sebejistě, dělal minimum chyb a pro další ročník si tak zajistil místo v hlavním týmu. A nejen to – jeho výkony neunikly ani trenérovi národního týmu Hadamczikovi a Krejčík se pod jeho vedením probojoval až na MS, kde naskočil do pěti utkání a pomohl vybojovat bronzovou medaili.

V průběhu sezony 2012/2013 si ho jako nadějného beka vyhlédl HC LEV Praha. Krejčík se v týmu nováčka KHL okamžitě zařadil mezi stabilní články obranných řad. S týmem se nakonec probojoval do play off, soupeř CSKA Moskva byl ale ve vyřazovacích bojích zároveň poslední stanicí. V úvodu sezony 2013/2014 se v nabitém kádru Lva Praha nevešel do sestavy, a tak byl odeslán na měsíční hostování do Sparty, kde nakonec sezonu dohrál a pomohl týmu k zisku Prezidentského poháru a bronzovým medailím. Po konci sezony následně zamířil na dvě sezony do švédského Örebro, odkud se přesunul do Záhřebu.

Závěr sezony však strávil v Kometě, kde získal svůj první mistrovský titul a o rok později 35 body v základní části a 8 asistencemi v play off úspěch zopakoval. Následující tři sezony působil ve Finsku, když kromě Lukko Rauma a Kärpätu nastupoval v KHL za Jokerit. V ročníku 2021/2022 hájil barvy Minsku, ze kterého po sezoně odešel a podepsal rovnou tříletý kontrakt se Spartou. Ve své první sezoně naskočil do rovných třiceti utkání, ve kterých zaznamenal celkem šest bodů, ale zároveň také stejný počet mínusových bodů. Krejčíka výrazně sužovaly zdravotní trable, kvůli kterým musel část základní části vynechat. V play off si částečně spravil chuť, ale herní vytížení by určitě vyměnil za týmový úspěch, jelikož Spartě vystavil stopku už ve čtvrtfinále Třinec.

V následující sezoně se Jakub Krejčík zbavil neustálých zdravotních potíží a byl stabilním členem sestavy. Jeho výkony postupem sezony rostly, načež vyvrcholily v play-off, kdy zkušený obránce nastřílel šest gólů! Po vyřazení s Třincem nakonec úspěšně bojoval o druhou účast na domácím mistrovství světa. V Praze vstřelil svůj první gól na světovém šampionátu, a přestože si v semifinále zlomil nos, nakonec se zraněním pomohl týmu ke zlatým medailím!